Ca fait pas mal de temps que je cherche un outil pour faire ca mais je n'ai rien trouve de dispo..... Jai pourtant essaye pas mal de trucs : mapmyrun.com, gpsvisualizer.com, gpsbabel ...
J'ai une trouve une solution de fortune :
1) Exporte tes 2 traces en format KML
2) Dans le 2e fichier, copie tout entre les 2 balises <coordinates> ...... </coordinates>
3 ) Colle le tout dans le 1e fichier juste avant la balise </coordinates>
4 ) Et voila le tour est joue, tu peux reimporter dans openrunner
Sinon comme toi au debut j'utilisais openrunner mais depuis que j'ai decouvert mapmyrun, je nen demords pas, essaye si ca te dit

Si je nai pas ete assez clair, n'hesite pas a me faire repeter et/ou a me demander plus de precisions
totops1