Garmin Epix Gen2 : Récupérer les intervalles R-R sur Excel

[Mr_Ours]

Bonjour à tous,

La question est dans le titre. Désolé si elle a déjà été posée mais je n'ai pas trouvé la réponse sur ce forum ni sur le forum Garmin.

Je cherche à récupérer les intervalles R-R enregistrés dans ma montre Epix Gen2 sur Excel.

Avec ma Suunto Ambit2 c'était super simple, mais là j'ai vraiment du mal. Donc si quelqu'un peut m'aider et détailler la marche à suivre pas à pas je lui serais très reconnaissant

Merci d'avance!

[priapex]

Bonjour à tous,

La question est dans le titre. Désolé si elle a déjà été posée mais je n'ai pas trouvé la réponse sur ce forum ni sur le forum Garmin.

Je cherche à récupérer les intervalles R-R enregistrés dans ma montre Epix Gen2 sur Excel.

Avec ma Suunto Ambit2 c'était super simple, mais là j'ai vraiment du mal. Donc si quelqu'un peut m'aider et détailler la marche à suivre pas à pas je lui serais très reconnaissant

Merci d'avance!

Seulement en PDF > [url]https://support.garmin.com/fr-BE/?faq=PB1duL5p6V64IQwhNvcRK9#:~:text=SDRR%20est%20l'écart%20type,cours%20des%20activités%20quotidiennes%20régulières.[/url]

[jpopeck]

Tu peux activer l'enregistrement de la VFC pendant les séances de sport. Après, il faut exporter les données depuis Garmin Connect au format CSV.

[Mr_Ours]

.. Après, il faut exporter les données depuis Garmin Connect au format CSV.

Justement c'est ma question, comment fait-on ?

[jpopeck]

Cliquer sur la roue crantée, exporter au format CSV. Après, je ne sais pas comment c'est formaté et si c'est exploitable directement.

[Mr_Ours]

Bonjour,

J'ai peut-être mal formulé ma question.

Mon problème n'est pas tant d'exporter ces données que de les trouver. Ma question est donc: [Où trouver les intervalles R-R ( intervalles entre deux battements exprimés en millisecondes ) qui sont utilisés par Garmin et d'autres applications pour calculer des constantes de santé en particulier la VFC.
Merci de ne répondre que si vous savez..

Amicalement

[_lg_]

À partir du FIT exporté depuis Garmin Connect, tu peux préparer un fichier CSV sous R (https://cran.r-project.org/) avec la librairie FITfileR :

Code: Tout sélectionner

install.packages("ggplot2")
install.packages("dplyr")
install.packages("FITfileR")

library(FITfileR)
library(dplyr)
library(ggplot2)

garmin_fit <-
  "/Users/gentia/Codes/Trail/Garmin_Epix_Pro/20240209/13883947974_ACTIVITY.fit"
FITfileR_garmin <- FITfileR::readFitFile(fileName = garmin_fit)

FITfileR_garmin_events <-
  FITfileR::events(fitFile = FITfileR_garmin)
timestamp0 <-
  FITfileR_garmin_events %>% dplyr::filter(event == "timer" &
                                             event_type == "start") %>% dplyr::pull(timestamp)

FITfileR_garmin_hrv <- FITfileR::hrv(fitFile = FITfileR_garmin)
FITfileR_garmin_hrv <-
  FITfileR_garmin_hrv %>% dplyr::filter(time != 65.535)

df <-
  data.frame(timestamp = cumsum(FITfileR_garmin_hrv$time) + timestamp0,
             rr = FITfileR_garmin_hrv$time)
write.table(
  x = df,
  file = "rr.csv",
  append = FALSE,
  quote = FALSE,
  sep = ";",
  na = "",
  dec = ",",
  row.names = FALSE,
  col.names = TRUE,
  fileEncoding = "UTF-8"
)

ggplot2::ggplot(data =  df) + ggplot2::geom_point(mapping = ggplot2::aes(x = timestamp, y = 60 / rr), size = 0.2) + ggplot2::theme_minimal(base_size = 20)

[Mr_Ours]

Merci pour l'info _lg_

Je vais essayer d'être encore plus explicite

Est ce que les intervalles R-R se trouvent dans le fichier FIT? Si oui, quelqu'un peut-il afficher une capture d'écran. je les ai cherché mais je n'ai pas trouvé..

Amicalement

[_lg_]

Oui, les données RR sont dans le fichier FIT.

Mon code R ne fait que lire le fichier FIT.

De manière alternative, si tu convertis le .FIT en .CSV avec FitCSVTool.jar (https://developer.garmin.com/fit/fitcsvtool/) tu obtiens des lignes du type (65535 = valeur manquante, mais 0,924 s désigne bien un intervalle R-R — il est ici normal de n'avoir qu'un intervalle R-R entre deux enregistrements successifs puisque j'ai fixé l'intervalle d'enregistrement à 1 seconde) :

Code: Tout sélectionner

Data,8,hrv,time,"0.924|65535|65535|65535|65535",s,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

[_lg_]

J'ai l'Epix Pro, mais je suis certain que c'est pareil avec l'Epix. La donnée vient ici d'une ceinture Polar H10 couplée à la montre, mais le capteur optique Elevate 5 (ou 4) devrait pouvoir fournir la donnée.

[Mr_Ours]

Merci pour l'info _lg_..

Mais je n'ai pas du tout les mêmes variables dans les applications natives Garmin, Course, Velo, etc..
De plus les fichiers FIT sont indexés sur le temps par seconde, peu compatible avec les données R_R.
Si quelqu'un connait une appli qui n'extrait que les R_R je suis preneur car je ne trouve rien sur Garmin IQ.
Tout ça est bien compliqué pour une demande aussi basique (il me semble)

Amicalement

[jano]

Peut être tu devrais demander à garmin plutôt non ?
Parce que si les réponses éclairées et techniques de _lg_ ne répondent pas à ta question, tu en trouveras peut être pas ici

[Mr_Ours]

Oui c'est ce que j'ai fait hier matin avant de venir sur le forum..

Je pensais qu'une donnée aussi basique était facile d'accès ( ce qui était le cas sur Suunto Ambit 2) et que j'aurais une réponse rapide claire et simple à mettre en œuvre sans avoir a convertir des fichiers via des applications java, etc.. sans trop savoir si les données s'y trouvent ou pas..etc.

J'ai aussi contacté le forum de Garmin pas de réponse claires non plus si ce n'est que les appli natives Garmin ne donnent pas l'info et qu'il faut se tourner vers des applis de développeurs sur Connec IQ.

Je vais attendre la réponse officielle de Garmin. Apparemment plus personnes ne se sert des intervalles R-R depuis que les montres calculent les VFC ?

Amicalement

[_lg_]

Les fichiers au format Garmin FIT sont des fichiers binaires, ils ne sont donc lisibles que par des machines. Un humain a besoin d'un outil pour "voir" ce qu'il y a dedans. J'en ai proposé deux (langages R et Java). Tu as aussi Kubios HRV Scientific Lite (MATLAB), téléchargeable gratuitement sur https://www.kubios.com/download/, dans lequel tu peux ouvrir un fichier FIT, supprimer les artefacts et exporter un fichier CSV contenant entre autres données de HRV les intervalles R-R (sous "RR INTERVAL DATA and SPECTRUM ESTIMATES" dans la colonne "RR interval").

[_lg_]

Sous Windows avec licence payante, tu as cet autre outil : https://www.fitfilerepairtool.info/

[_lg_]

Suunto propose en effet d'exporter un fichier XLSX avec les intervalles R-R sauvagement ajoutés dans une colonne supplémentaire sans rapport avec les colonnes précédentes (indexées sur les timestamps). Garmin ne propose pas d'export CSV ou XLSX des intervalles R-R, mais tu peux les trouver dans le fichier FIT.

[_lg_]

L'outil le plus simple est https://www.fitfileviewer.com/ : tu importes ton fichier FIT ("Open FIT file") puis descends jusqu'à "hrv" et cliques à droite sur "Download as CSV".

[_lg_]

Ça c'est vrai pour les messages de type "record" du FIT mais pas pour les messages de type "hrv" (qui listent les intervalles R-R en secondes, séparés par le caractère "|" quand il y en a plusieurs entre deux enregistrements successifs).

De plus les fichiers FIT sont indexés sur le temps par seconde, peu compatible avec les données R_R.

[_lg_]

Pour mesurer ma HRV du matin j'utilise HRV4Training avec une ceinture Polar H10. Tu as aussi l'application Nolio avec compte Sportif Premium. Je trouve la mesure de RMSSD du matin plus pertinente que celle de la nuit par la montre en vue de l'entraînement ou des entraînements du jour.

Quant au DFA-alpha1 pendant une activité je ne le regarde plus car mes seuils ventilatoires ne coïncident pas avec les valeurs de DFA-alpha1 de 0,75 et 0,5 communément admises pour SV1 et SV2.

Apparemment plus personnes ne se sert des intervalles R-R depuis que les montres calculent les VFC ?

[_lg_]

Un dernier outil, https://runalyze.com (à associer à son compte Garmin) : sous "Variabilité de fréquence cardiaque" puis à droite "DFA-a1" puis "Estimation du seuil aérobie". Une fenêtre s'ouvre, sous "Data" cliquer sur "Intervalles R-R" et sous le graphique "Export CSV | Exporter JSON".

[_lg_]

HRV messages are used to record heart rate variability data. The HRV messages contain an array of RR intervals and are interleaved with record and event messages in chronological order. Note that HRV data is not timestamped, and shall be synchronized by checking successive RR intervals as they occur between other timestamped messages.

(source : https://developer.garmin.com/fit/file-types/activity/)

[Mr_Ours]

Bonjour,

Merci _lg_ pour tes conseils..

L'outil le plus simple est https://www.fitfileviewer.com/ : tu importes ton fichier FIT ("Open FIT file") puis descends jusqu'à "hrv" et cliques à droite sur "Download as CSV".

Justement , je n'ai pas "HRV" dans les fichiers FIT que j'ouvre. Quelle application utilises-tu ?

Bonne journée.

[_lg_]

Si tu ne vois pas de message de type "hrv" en reproduisant ma méthodologie (télécharger le FIT depuis Garmin Connect, le téléverser sur FIT File Viewer puis consulter la liste des types de messages), c'est qu'il te faut en amont configurer ta montre (ajouter un champ Connect IQ) et/ou la coupler avec les bons capteurs. Je viens d'aller chercher ma première activité "Trail", sans couplage avec la Polar H10 (FC via le capteur optique de la montre), et en effet je n'ai pas de messages de type "hrv" dans le FIT. Donc utilises-tu une ceinture cardio (ECG) ou un dispositif optique couplé ?

[_lg_]

Sur ta montre (vérifié sur ma Garmin Epix Pro), vérifie cela : Menu > Système > Enregistrement de données > Enregistrer la VFC > Activé.

[Mr_Ours]

Bonjour,

Pour répondre à ta question _lg_ , j'utilise une ceinture Garmin HRM PRO Plus et la montre a aussi un capteur poignet, quand je porte la ceinture elle est prioritaire sur le capteur poignet. Et oui la fonction 'Enregistrer la VFC' est activée.

Peux tu juste m'indiquer qu'elle appli tu utilises pour récupérer la VHR dans le fichier FIT?
Je n'ai toujours pas de réponse de Garmin sur le sujet..

Bonne journée

[_lg_]

Je n'utilise pas d'application Connect IQ si c'est ta question (hormis Stryd Zones et Stryd Workout App). La montre enregistre la VFC en natif si elle est bien configurée, ce qui semble être le cas pour toi.

[Mr_Ours]

Bon ça y est j'ai fini par mettre la main sur la VFC qui est sous forme d'arrays de 5 éléments tel que tu l'as décrit _lg_.
Merci pour tes conseils éclairés qui m'ont permis de m'en sortir plus vite.

Amicalement