Je pense que la réponse est là :
http://notices.geonaute.com/FR/FAQ.php :
16. Comment faire pour exporter ses données vers d’autres logiciels (carto-explorer, géorando, etc...) ?
Il est nécessaire d’exporter son parcours en .gpx, un format supporté par la plupart des logiciels du marché. Pour ce faire, sur le logiciel Geonaute, cliquez sur le menu "File" puis "Export" et enfin "GPX file". Dans la nouvelle fenêtre, choisissez l'emplacement du fichier, donnez-lui un nom et cliquez sur le bouton "Enregistrer".
Bon courage